Propaania selluloosasta bakteerien avulla – Suomen iGEM-kilpailujoukkue esittäytyy

Blogi - Julkaistu 3.8.2015

International Genetically Engineered Machine (iGEM) on maailmanlaajuinen synteettisen biologian kilpailu. Joukkueemme koostuu neljästä Aalto-yliopiston ja kuudesta Helsingin yliopiston opiskelijasta, joiden pääaineet koostuvat mm. molekyylibiotieteistä, ympäristöasioiden hallinnasta, kemiasta ja biotekniikasta. iGEM-säätiö on kilpailun järjestävä organisaatio.

Kilpailu järjestetään 11. kerran tänä syksynä. Suomi osallistui ensimmäisen kerran viime vuonna, jolloin joukkue kerättiin kasaan opiskelijoiden voimin ja yliopistot antoivat tiedollista apua ja labratilat työskentelyyn.

iGEMiin voivat osallistua niin lukiolaiset kuin yliopisto-opiskelijatkin eri sarjoissa, jossa yliopisto-joukkueet ovat jaettu kahteen luokkaan: alle 24-vuotiaat ja yli 24-vuotiaat. Meidän joukkueemme täytti alle 24-vuotiaiden yliopisto-opiskelijoiden kriteerit, vaikka osa tiimiläisistämme ehtii ylittää ikärajan ennen kilpailun päättymistä.

Emme tunteneet toisiamme etukäteen ja edellisen vuoden joukkue oli tehnyt haastattelut ja valinnut meidät. Ensimmäinen tapaaminen oli maaliskuussa ja nyt olemme tehneet töitä projektin eteen yli kolme kuukautta, josta puolitoista kuukautta täysipäiväisesti.

Aloimme heti maaliskuussa heittelemään ideoita ilmaan ja niitä tulikin yli 20. Seuraava askel oli ajatusten rajaaminen ja taustatietojen etsiminen. iGEMiin tulee joka vuosi noin 200 uutta tutkimusprojektia, joten on hankala löytää aihetta, jota ei jo olisi tutkittu. Lopulta teimme päätöksemme perustuen löytämiimme artikkeleihin, jäsenten mielipiteisiin ja tutkimuksen ajallisen arvion avulla. Päädyimme suunnitelmaan, jossa haluamme kehittää metaboliareitin E. coli -bakteerin, joka tuottaa propaania ja hyödyntää selluloosaa hiilenlähteenään. Taustatietoja etsiessämme törmäsimme Turun yliopiston tutkimusryhmän artikkeliin, jossa he olivat muodostaneet propaania tuottavan bakteerin. Tutkimusaiheemme yhdistyi käytännössä kahdesta eri ideasta. Halusimme tuottaa energiaa kestävästi bakteerien avulla ja hajottaa jätettä.

Tällä hetkellä laboratoriotiimimme odottaa sekvenssitilauksia, jotta varsinainen propaaniprojektimme pääsee todella vauhtiin. Odottelun lisäksi teemme iGEMin järjestämää laajaa mittausprojektia, jossa joukkueet ympäri maailmaa rakentavat toisiaan vastaavia fluoresoivaa valoa tuottavia bakteerikantoja. Mittausdata toimitetaan iGEMille, ja tarkoituksena on, että tulokset ovat keskenään verrattavissa.

Projektin aikana olemme olleet yhteydessä muihin iGEM-joukkueisiin, jakaneet kokemuksia ja vastoinkäymisiä heidän kanssaan. Vaikka kyseessä on kilpailu, tapahtuman päätavoite on kehittää ja oppia uutta yhdessä.

Projektimme huipentuu Bostonissa syyskuussa pidettävään Giant Jamboreehen, johon kerääntyy lähes 300 joukkuetta yli 50 eri maasta. Ennen tätä pääsemme osallistumaan pienempään pohjoismaiden järjestämään Nordic Jamboreehen Uppsalaan, jossa tapaamme muita joukkueita Ruotsista, Norjasta ja Tanskasta.

Tällaiset yliopistojen väliset yhteistyöprojektit ovat opiskelijoille harvassa, joten on ollut avartavaa päästä työskentelemään eri taustaisten opiskelijoiden kanssa. Laboratoriossa tapahtuvan tutkimuksen lisäksi koodaamme omat nettisivumme, muodostamme matemaattisen mallin reaktioille ja kerromme sekä synteettisestä biologiasta että omasta projektistamme erityisesti nuorille suunnatuissa tapahtumissa.

Haluaisimme mielellämme kuulla ideoita, miten hyödyntäisitte synteettistä biologiaa metsäteollisuudessa?

Lisätietoa meistä ja projektistamme löytyy nettisivuiltamme. Päivitämme myös projektimme etenemisestä sosiaalisessa mediassa: Facebook | Twitter

Kirjoittaja Milla-Mari Vastavuo on Aalto-Helsinki iGEM –joukkueen jäsen, joka opiskelee Biotuotetekniikkaa Aalto-yliopistossa. Sähköposti team(ät)aaltohelsinki.com